Verbruggen war um die Jahrtausendwende einer der einflussreichsten Sportfunktionäre. Auf Verbruggens Wirken im Radsport liegt allerdings ein Schatten. In seine Amtszeit fallen unter anderem die sieben Tour-Siege des US-Amerikaners Lance Armstrong, dem die Erfolge im Jahr 2012 wegen systematischen Dopings aberkannt wurden. Ein von einer unabhängigen Kommission erstellter Report, der sich mit der Doping-Vergangenheit im Radsport auseinandersetzt, bescheinigte Verbruggen und dessen Nachfolger Pat McQuaid im Zuge des Armstrong-Falls später umfassendes Fehlverhalten. Armstrong selbst beschuldigte Verbruggen im Jahr 2013, er habe auf dessen Anraten bei der Tour de France 1999 ein Rezept rückdatieren lassen, um einen zu hohen Kortisonwert zu begründen. Verbruggen bestritt den Vorwurf.
